Pierwsze wzmianki o Lipowcu datowane są na rok 1305. Wtedy to nazwa miejscowości po raz pierwszy pojawiła się w dokumentach biskupstwa wrocławskiego. Wymieniony jest tam wówczas także Ustroń, co świadczy o powstaniu obydwu osad w tym samym czasie. Sam Lipowiec jest jedną z najstarszych wsi Śląska Cieszyńskiego. W roku 1305 istniał już we wsi drewniany kościółek. Najprawdopodobniej, co potwierdza wyciąg ze starej księgi gruntowej gminy Lipowiec, ówczesna świątynia powstać mogła w XI wieku.
W roku 1335 pojawiają się pierwsze zapiski o parafii Lipowiec – figuruje ona w spisie świętopietrza. Jednak jeszcze w XIV wieku lipowska parafia zostaje zlikwidowana i połączona ze Skoczowem. W Lipowcu nadal jednak istnieje drewniany kościółek, podobny do tego w Nierodzimiu, pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Świętego. Wzmianka o nim nie pojawia się jednak w spisie kościołów należących do protestantów, który powstał w roku 1652. Natomiast w dokumentacji stworzonej z okazji wizytacji w Skoczowie, również w 1652 roku, pojawia się informacja o istnieniu w Lipowcu kościoła filialnego pod wezwaniem Znalezienia Krzyża Świętego. W notatce czytamy: „W Lipowcu jest drewniany kościół filialny (należący do Skoczowa) pod tytułem Znalezienia Krzyża Świętego, z wieżyczką w środku kościoła, mieszczącą dwa dzwonki. Pamiątkę poświęcenia obchodzi się w niedzielę przed odpustem. Ołtarz jest tylko jeden dostatecznie mapami (nakryciami) nakryty. Kielich ma się znajdować u chłopów, komża jest, również stary mszał. Inne paramenta do odprawiania nabożeństw czterokrotnie w ciągu roku, znajdują się w niedobrym stanie , ambona nędzna, cmentarz odpowiedni, dobrze zamknięty. Dachy dobre. Dochody z jałmużny i dzwonienia.”
Podobne treści zawarte są w sprawozdaniu z 1688 roku ( mowa o kaplicy wzniesionej przez protestantów, nie wiadomo pod jakim tytułem) oraz w Aktach Wizytacyjnych Biskupa Wrocławskiego, powstałych po 1715 roku, z tym że w nich mowa jest o kościele filialnym pod wezwaniem Świętego Krzyża. Dane pochodzące z inwentarza spisanego w 1804 roku świadczą o istnieniu drewnianego kościoła, jednak większego aniżeli ten wspominany w dokumentach sprzed blisko stu lat. Według jezuitów ten kościół musiał powstać około roku 1690. Zbudowany był z drewna jodłowego, miał 4 okna i dwoje jednoskrzydłowych drzwi. Ołtarz też był drewniany, z dwoma gzymsami w kolorze zielonym, czerwonym i niebieskim. W centrum ołtarza było proste tabernakulum oraz rzeźbiony krzyż, który przypominał tytuł kościoła. Po bokach krzyża stały dwie figury: Matki Bożej i św. Jana Ewangelisty. Na wyższym gzymsie znajdowała się figura świętej, która odnalazła krzyż naszego Zbawiciela – figura św. Heleny. W 1770 roku we wnętrzu kościoła namalowany został obraz przedstawiający Znalezienie Krzyża Świętego. W 1799 roku z oszczędności po śp. Jakubie Maciejiczku i przy pomocy Gminy Lipowiec organista żywiecki zbudował mechaniczne organy. Kościół miał 16 prostych ławek, jeden konfesjonał oraz dwa srebrne kielichy: z roku 1786 z napisem „Kaplica św. Jana Nepomucena z roku 1717” oraz z napisem łacińskim „Kościół lipowiecki”. W wieży zaś były umieszczone dwa dzwony. Większy miał napis: „Antoni Ludwig 1692, św. Martyna”, a mniejszy: „Wszystko na większą chwałę Bożą 1722”. Wokół kościoła znajdował się owalny cmentarz z drewnianym ogrodzeniem, utrzymywany przez Gminę Lipowiec. Do probostwa należał ogród i spory kawałek ziemi podarowany przez Gminę Lipowiec w 1795 r. Plebania pochodzi z roku 1793 – na belce wewnątrz budynku odczytano napis: „ANNO 17 IHS 93”.
W XVIII wieku działalność w Lipowcu rozpoczynają ojcowie jezuici – Leopold Tempes, Józef Roeller, Józef Kirchenhann i Jan Pohl. Prowadzili oni akcję misyjną oraz rekatolizacyjną na terenie całego Śląska Cieszyńskiego. Po podziale Śląska między Prusy i Austrię miejscowy kościół, jak i pobliskie parafie, wchodziły w skład Generalnego Wikariatu w Cieszynie. Od 1795 roku Lipowiec ponownie tworzy samodzielną parafię i od tego momentu prowadzone są księgi metrykalne. Pierwszym proboszczem odnowionej parafii został o. Kirchenhann. W tym czasie stary, drewniany kościół groził zawaleniem, więc 5 maja 1808 roku proboszcz skoczowski – ksiądz Józef Różański – dokonał poświęcenia kamienia węgielnego pod nową świątynię. Kierownikiem budowy został Teofil Labach, budowniczym zaś kościoła był Józef Drachny. Koszt przedsięwzięcia został pokryty z funduszu religijnego. 16 września 1810 roku ksiądz Bernard Farbowski poświęcił nowy kościół w Lipowcu. Wizerunek starego, drewnianego kościoła, który został jeszcze tego samego roku rozebrany, zachował się na pieczęci urzędu parafialnego z 1794 roku. Dziś w jego miejscu stoi krzyż „na dolnym parkingu”. W 1852 roku zbudowany został trzykondygnacyjny neobarokowy ołtarz, w którego wnętrzu znajduje się rzeźbiona scena Podwyższenia Krzyża Świętego. W drugiej połowie XIX wieku zbudowano również ambonę z baldachimem, na którym umieszczono figurę Mojżesza z tablicami dziesięciu przykazań. W samej ambonie umieszczono płaskorzeźbę Dobrego Pasterza. W roku 1924 zamówiono w firmie Rieger nowe organy, które zastąpiły używaną dotychczas fisharmonię.
W roku 1833 ksiądz Różański poświęcił nowy cmentarz. Wcześniej miejsce pochówku zlokalizowane było wokół starego kościoła. Już po niespełna stu latach, bo na początku XX wieku, na nowopowstałej nekropolii zabrakło miejsca, więc na parceli Jerzego Janika utworzono kolejny cmentarz, który poświęcony został w 1910 roku i do dziś jest miejscem pochówku.
Przed I wojną światową w parafii działały różne grupy modlitewne: Akcja Katolicka, Stowarzyszenie Kobiet i Mężczyzn, Młodzież Męska i Żeńska, Bractwo Różańcowe, 20 róż Żywego Różańca. Po wybuchu wojny w lipowskim kościele zabrakło proboszcza (powołano go na wikarego polowego), co wiązało się z brakiem Mszy świętych. Odbywały się wówczas nabożeństwa błagalne o zwycięstwo wojenne, o pokój i zakończenie wojny. W 1917 roku doszło do rekwizycji dzwonów na cele wojenne.
Po odzyskaniu niepodległości, w roku 1925, Lipowiec wchodzi w skład nowoutworzonej diecezji katowickiej. W okresie międzywojennym – od 26 października do 1 listopada 1930 roku parafia lipowska przeżywała Misje prowadzone przez ojców redemptorystów. Na pamiątkę tych misji 2 listopada został uroczyście poświęcony krzyż misyjny.
Na początku II wojny światowej, w 1940 roku, proboszcz lipowski, ksiądz Marian Majewski, opuścił parafię, a następnie został wywieziony do obozu w Dachau. Trzy lata później trafił tam również następca księdza Majewskiego – ksiądz Tadeusz Kalfas. Na początku roku 1944 substytutem proboszcza w Lipowcu mianowano księdza Karola Franka, a tuż po wojnie zastąpił go ksiądz Julian Więckowski. W czasie jego posługi zbudowano przy kościele nową plebanię, zakupiono także dzwony noszące imiona „Jezus”, „Maria” i „Józef” oraz wykonano ogrzewanie świątyni. Po trudnym czasie okupacji niemieckiej w parafii lipowskiej życie duszpasterskie mogło się spokojnie rozwijać – powstały następujące grupy modlitewne: Czciciele św. Franciszka – III Zakon, Bractwo Różańcowe Dominikańskie, Żywy Różaniec, Adoratorki Najświętszego Sakramentu, Sodalicja Panieńska, Kongregacja Mariańska, Rolnicy, Stowarzyszenie Dziecięctwa Jezusowego. Pamiątką po misjach dominikańskich, które odbyły się od 2 do 10 listopada 1957 roku, jest poświęcona figurka św. Jacka oraz krzyż przy drodze, na posesji rodziny Herman, z napisem „Zbaw duszę swoją”.
Od 1966 roku proboszczem lipowskim był ksiądz Jan Ślązok, który duszpasterzował w parafii przez 18 lat. W tym czasie odnowiono kościół i wykonano zewnętrzną elewację probostwa. Po śmierci księdza Ślązoka, w roku 1984, urząd proboszcza objął ksiądz Antoni Kuś. Dzięki jego staraniom między innymi ogrodzono plebanię i pokryto blachą miedzianą dach wieży kościoła. W roku 1992 parafia w Lipowcu weszła w skład diecezji bielsko – żywieckiej. Po nagłej śmierci księdza Kusia nowym duszpasterzem w Lipowcu został ksiądz Marian Brańka, który w ciągu dziesięciu lat posługi dokonał generalnego remontu kościoła i probostwa. W latach 2006 – 2015 funkcję proboszcza pełnił ksiądz Marian Frelich, w tym czasie parafia obchodziła jubileusz dwustulecia poświęcenia kościoła. Z tej okazji pomalowano zarówno wnętrze świątyni, jak i zewnętrzną elewację. Od 2015 roku proboszczem w Lipowcu jest ksiądz Marian Kulik, który tuż po objęciu urzędu przygotował parafię na peregrynację Obrazu Jezusa Miłosiernego i relikwii św. Faustyny i św. Jana Pawła II.
Proboszczowie od 1785 roku:
- Józef Kirchenhann
- Jan Pohl
- Ignacy Wincenty Czucher
- Michał Tetlia
- Kajetan Gatty
- Józef Puczek
- Franciszek Krupica
- Jan Szymeczek
- Jakub Podiwiński
- Józef Jiřik
- Józef Kupka
- Teofil Budny
- Ludwik Kojzar
- Józef Matloch
- Marian Majewski
- Tadeusz Kalfas
- Karol Franek
- Julian Więckowski
- Jan Ślązok
- Antoni Kuś
- Marian Brańka
- Marian Frelich
- Marian Kulik,